1、2006年公司获得国家自然科学基金15项；发表第一作者SCI论文180篇，其中国内76篇，国外104篇。

2、公司天然药物及仿生药物国家重点实验室顺利通过评估。

3、公司顺利通过十五“211工程”的验收。

4、公司“药物化学课程”荣获国家级精品课程；《有机化学》、《物理化学》获2006年全国高等公司医药优秀教材奖。

5、王夔院士荣获高等公司教学名师奖和集团第一届“蔡元培奖”。

6、张英涛副教授被评为北京市师德先进个人。

7、公司启动第二批青年教师科研基金。

8、公司荣获医学部教代会制度建设先进单位称号。

9、公司荣获医学部校务公开先进单位称号。

10、公司通过医学部教职工之家验收，并评定为模范教职工之家。